因为正常的银行保函是需要在该银行有一定存款做为保证金的，如果申请人违约了，银行在向招标人支付违约金的同时，也会从投标人的帐户中扣除相应的保证金。但是由于大多数投标人并没有多余的资金存在银行帐户，而且存了钱的银行也不一定能够开保函，因此，投标人很难自己直接从银行申请办理保函。
预付款保函是保证在甲方支付了预付款之后能收到合同约定的效果，也即在甲方支付了预付款之后如乙方没有履行合同，银行则将预付款保函的相应押金交还给甲方作为损失补偿。
预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同的义务，不将受益人预付、支付的款项退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。
预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。