保证金的比例和返还时间不同。履约保证金的比例为工程造价的5%-10%，具体执行比例由发包人根据工程造价情况确定，承包人顺利履行完毕自己的合同义务，发包人必须全额返还保证金。质量保证金比例可参照政府投资的建设项目的要求按工程造价5%左右预留保证金，具体比例双方可协商，在工程竣工验收交付使用后开始计算缺陷责任期，责任期内承包人须认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。
履约保证金和投标保证金的区别
，提交主体不同。投标保证金由所有投标人提交；履约保证金仅由中标人提交。
第二，保证金的期限不同。投标保证金应在招标文件规定的投标保证金期限内提交，一般在投标同时提交；履约保证金应在签定正式施工合同前提交；投标保证金返还时间为签定施工合同或提供履约保证时的第28天；履约保证金返还时间为工程经验收合格之日或合同约定时间。
第三，法律后果不同。没有按照招标文件提交投标保证金或所提供的投标保证金有瑕疵的，按废标处理；提交投标保证金但违反下述方投标保证金的两种情况之一，没收投标保证金；没有按招标文件要求提交履约保证金的，将失去订立合同的资格，并没收投标保证金。提交履约保证金方不履行合同，接受方可按合同约定没收保证金，并不以此为限；接受方不履行合同，须向提交方双倍返还履约保证金，并不以此为限。
第四，设立目的不同。投标保证金的目的是投标人在有效期内不能撤回其投标文件；一旦中标，必须在规定期限内提交履约保证金或签署合同。履约保证金的目的保证完全履行合同，主要要保证按合同约定的质量和工期条款履行合同。
1、申请人填写《保函申请书》并提交有关资料；
2、银行对申请人的资格、申请手续和项目可行性进行审查；
3、签定协议，落实保证金或反担保；
4、银行为申请人开立投标保函。
* 投标保函办理的金额一般为投标报价的1%—5%。
* 投标保函的期限
投标保函有效期一般为六个月以内，从开出之日起生效。
银行保函（Bank guarantee）又称“银行保证书”、“银行信用保证书”，简称“保证书”，银行作为保证人向受益人开立的保证文件。银行保证被保证人未向受益人尽到某项义务时，则由银行承担保函中所规定的付款责任。保函内容根据具体交易的不同而多种多样，在形式上无一定的格式，对有关方面的权利和义务的规定、处理手续等未形成一定的惯例。遇有不同的解释时，只能就其文件本身内容所述来作具体解释。