崔永华研究方向儿童精神医学与精神卫生。研究的疾病种类包括抽动障碍、注意缺陷多动障碍、孤独症谱系障碍、儿童情绪障碍、儿童精神分裂症、儿童抑郁症及网络成瘾等行为问题，研究范围涉及该领域的病因学、发病机制、流行病学以及诊断、、预防和康复。
崔永华国内率先提出儿童精神障碍的全病程管理理念及医院-学校-社区“三位一体”的管理模式。同时重点研究儿童健全人格的培养、儿童青少年的心理健康和压力管理。多次参加重大灾难的心理危机干预，目前为国家应急救援队员。
2012年作为主要完成人的科研项目《抽动障碍基础与临床系列研究》获中华医学会科技奖三等奖。2017年作为主要完成人的科研项目《抽动障碍临床新技术》获北京医学会科技奖二等奖。2018年作为主要完成人的科研项目《抽动障碍的疾病特征与优化诊疗研究》获北京市科学技术奖三等奖。
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