茅台酒的酒窖建设也颇有讲究。从窖址选地、窖区走向、空间高度，到窖内温湿度控制、透气性能，以及酒瓮的形式、容量、瓮口泥封的技术等，都极为严格。这些都是关系到成品酒的再熟化、香气纯度再提高的关键。酒窖里每天要有人检查，开关透气孔，控制温湿度。
在此期间，要经历重阳下沙、端午踩曲、长期贮存等工艺环节的淬炼，制酒生产一年一个生产周期，顺应季节变换，历经两次投料、九次蒸煮、八次发酵、七次取酒；酿制而成的基酒还需在陶坛中经过三年以上的贮存，后，采用酒勾酒的方式将一百余种不同酒龄、不同香型、不同轮次、不同酒度等各有特色的基酒进行组合，形成了茅台酒的典型风格。
茅台酒工艺中的三长主要指茅台酒基酒生产周期长；大曲贮存时间长；茅台酒基酒酒龄长。茅台酒基酒生产周期长达一年，须二次投料、九次蒸馏、八次发酵、七次取酒，历经春、夏、秋、冬一年时间。而其它名白酒只需几个月或十多天即可。茅台酒大曲贮存时间长达6个月才能流入制曲生产使用，比其它白酒多存3－4个月，这对提高茅台酒基酒质量具有重要作用，而且大曲用量大，是其它白酒的4－5倍。茅台酒一般需要长达三年以上贮存才能勾兑，通过贮存可趋利避害，使酒体更醇香味美，加上茅台酒高沸点物质丰富，更能体现茅台酒的价值，这是其它香型白酒不具有的特点。
茅台酒生产所用高粱为糯性高粱，当地俗称红缨子高粱。此高粱与东北及其它地区高粱不同的是，颗粒坚实、饱满、均匀，粒小皮厚，支链淀粉含量达88%以上，其截面呈玻璃质地状，十分有利于茅台酒工艺的多轮次翻烤，使茅台酒每一轮的营养消耗有一合理范围。茅台酒用高粱皮厚，并富含2%－2.5%的单宁，通过茅台工艺发酵使其在发酵过程中形成儿茶酸、香草醛、阿魏酸等茅台酒香味的前体物质，后形成茅台酒特殊的芳香化合物和多酚类物质等。这些有机物的形成与茅台酒高粱及地域微生物群系密切相关，也是茅台酒幽雅细腻、酒体丰满醇厚、回味悠长的重要因素，特别值得一提的是茅台酒富含一定的多酚类物质，适量饮用，不伤肝。