1996年，茅台酒工艺被确定为国家机密加以保护。2001年，茅台酒传统工艺列入首批物质文化遗产。2006年，批准将“茅台酒传统酿造工艺”列入首批非物质文化遗产名录，并申报世界非物质文化遗产。2001年3月29日，茅台酒被批准为“原产地域保护产品”。2013年3月28日，原国家质检总局批准调整“茅台酒”地理标志产品保护名称和保护范围。
茅台酒的酒窖建设也颇有讲究。从窖址选地、窖区走向、空间高度，到窖内温湿度控制、透气性能，以及酒瓮的形式、容量、瓮口泥封的技术等，都极为严格。这些都是关系到成品酒的再熟化、香气纯度再提高的关键。酒窖里每天要有人检查，开关透气孔，控制温湿度。
在此期间，要经历重阳下沙、端午踩曲、长期贮存等工艺环节的淬炼，制酒生产一年一个生产周期，顺应季节变换，历经两次投料、九次蒸煮、八次发酵、七次取酒；酿制而成的基酒还需在陶坛中经过三年以上的贮存，后，采用酒勾酒的方式将一百余种不同酒龄、不同香型、不同轮次、不同酒度等各有特色的基酒进行组合，形成了茅台酒的典型风格。
1997年，茅台推出款纪念酒——「香港回归1997」，至今正好25周年。纪念酒的开发为今天茅台的火热埋下了伏笔，开启了茅台收藏新时代。
2014年，白酒行业进入低谷。为了填补营收，茅台成立定制营销公司，开展个人、团体、企业等个性化定制业务。茅台生产过上千款产品，定制酒占据了大半壁江山。不过多数定制酒产量少、知名度不高，基本不流通；只有少数设计精美的定制纪念酒流入市场，深受藏家欢迎。
2019年，茅台酒市场价一路高涨，飞天一瓶难求。为保证飞天的供应量，官方取消了定制酒业务，砍掉了大部分非常规产品，纪念酒的开发也越来越谨慎。